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中国热带农业科学院生物所自主研发规模化基因组大数据平台
由中国热带农业科学院生物所自主开发的AF（基因组随机扩增序列SNP多态性及化多态性）技术,结合大数据分析优势,打造了热带作物基因大数据平台,可大规模、低成本地构建遗传连锁图谱,开展GWAS分析、演化分析、指纹图谱以及高通量化分析等,在建立热带特色作物分子标记育种平台方面发挥了重要作用,有效提升了中国热科院在该领域的国际影响力.
据AF技术研发者夏志强副研究员介绍,目前以该平台为桥梁,生物所已与美国普渡大学、美国加州大学戴维斯分校、CIAT、EMBRAPA、福建农林大学、海南大学等在内的10余家国内外研究机构、高校建立合作,覆盖木薯、橡胶树、小桐子、胡椒、可可、茶树、柱花草、澳洲坚果、香蕉、兰花、甘蔗、土豆、芭蕉芋、薏仁、节节麦等多种作物.
近年来,生物所种质与基因资源研究室已在木薯、橡胶树、小桐子等作物上运用该技术并发表代表性成果.如对木薯群体展开全基因组关联分析( GWAS),确定了36个农艺性状关联的关键基因；在橡胶连锁图谱研究方面,构建了大约6 940个AF标记遗传连锁图谱与多个重要产胶相关QTL基因(该物种首个超高密度SNP定位QTL)；开展了小桐子的遗传连锁图谱构建和QTL定位研究,开发了含有3 422个AF标记遗传连锁图（该物种首个超高密度图谱）,13个果实产量重要QTL等.
仅2018年以来,夏志强副研究员相关基因组大数据研究成果陆续发表在《Nucleic Acids Research》、《Biotechnology for Biofuels》、《Industrial Crops&Products》、《Frontiers in Plant Science》等国际期刊上,累计影响因子24.585.
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